2025년 12월 22일 LH가 손실보상 협의를 개시했습니다. 조세특례제한법 개정으로 양도소득세 감면 한도가 연 2억 원, 5년간 3억 원으로 확대됐습니다. 보상금을 두 과세연도에 나눠 받으면 최대 3억 원까지 감면받습니다.

2026년 4월 9일 · LH·용인특례시·조세특례제한법(2025.3. 개정) 공개 자료 기준

국가산단 토지 보상은 단순히 땅값을 받는 것이 아닙니다. 보상금 수령 시점, 분할 수령 여부, 대토 보상 선택 여부에 따라 세금이 수천만 원에서 수억 원까지 달라집니다. 보상 협의 통지서를 받고 나서 세무사를 찾는 분들이 많은데, 협의매수 단계에서 전문가를 먼저 만나는 것이 전략의 시작입니다. 이미 한 번에 수령했다면 소급 적용이 불가합니다.

사업 규모
777만㎡
약 235만 평, 삼성전자 Fab 6기
양도세 감면 한도 (연)
2억 원
개정 전 1억 원 → 2배 확대
5년간 감면 한도
3억 원
개정 전 2억 원 → 확대

2025년 3월 조세특례제한법 개정 — 어떻게 유리해졌나

개정 1
양도소득세 감면율 5% 상향
공익사업으로 협의매수 또는 수용되는 토지에 대해 양도소득세 감면율이 종전보다 5% 상향됐습니다. 협의매수 시 더 높은 감면율이 적용됩니다.
개정 2
연간 감면 한도 1억 → 2억 원 확대
한 과세기간(1년)에 적용받을 수 있는 양도소득세 감면 한도가 1억 원에서 2억 원으로 확대됐습니다. 단일 연도 수령보다 분할 수령이 더 유리할 수 있습니다.
개정 3
5년간 감면 한도 2억 → 3억 원 확대
연속된 5과세기간 감면 한도가 2억 원에서 3억 원으로 확대됐습니다. 보상금을 2개 과세연도에 나눠 수령하면 각 연도 2억 원씩, 최대 3억 원(5년 한도)까지 혜택을 받습니다.
개정 4
주택 부수토지 비과세 배율 확대
사업인정 고시일 직전 용도지역 기준으로 주택 부수토지 비과세 배율 적용. 녹지·관리지역이 주거·상업지역으로 변경됐어도 변경 전 기준 인정. 비과세 면적이 건물 바닥면적의 3배에서 최소 5배, 최대 10배까지 확대됩니다.

분할 수령 전략의 핵심. 보상금을 2025년 12월과 2026년에 나눠 수령하도록 설계하면 각 연도 감면 한도 2억 원씩 적용받아 5년 한도 3억 원까지 감면이 가능합니다. 보상 협의 시작과 동시에 세무사와 수령 시점을 설계해야 합니다. 이미 한 번에 수령한 경우 소급 적용 불가합니다.

토지 보상금 산정 절차

단계 1
감정평가 — 2개 이상 법인이 산술 평균으로 결정
LH가 의뢰한 감정평가 법인 2개가 각각 평가한 금액의 산술 평균이 보상금 기준입니다. 공시지가를 기초로 인근 시세·용도지역·이용 상황을 반영합니다.
단계 2
협의매수 — 합의하면 감면율 우대
토지 소유자가 보상금에 합의하는 협의매수 방식입니다. 협의매수 시 양도세 감면율이 더 높게 적용됩니다. 협의가 결렬되면 수용재결로 넘어갑니다.
단계 3
이의재결·행정소송 — 불복 시 재감정 가능
수용재결 금액이 낮다고 판단되면 이의재결 신청 후 재감정을 받을 수 있습니다. 이후에도 불만족스러우면 행정소송(토지보상 증액 청구)이 가능합니다. 소송비용 대비 증액 예상액을 먼저 계산해야 합니다.

대토 보상 — 현금 대신 토지로 받을 때 장점·주의·선택 기준

대토 보상은 수용된 토지 대신 다른 토지로 보상받는 방식입니다. 현금 보상 대비 양도소득세 감면율이 더 높게 적용될 수 있습니다. 단, 대토 보상 후 받은 토지를 일정 기간 보유해야 혜택이 유지됩니다.

장점
현금 보상보다 높은 양도세 감면율 적용 가능
대토 보상 선택 시 현금 보상 대비 감면율이 추가 적용될 수 있습니다. 현금 보상금이 큰 경우 일부를 대토로 전환해 세금 부담을 줄이는 전략이 가능합니다. 자산을 토지로 계속 보유하면서 개발 이익 추가 기대도 가능합니다.
주의
의무 보유 기간 — 처분 시 감면 혜택 환수
대토 보상 후 받은 토지를 일정 기간(통상 3년) 안에 처분하면 감면받은 세금이 추징됩니다. 대토 후 즉시 매각할 계획이라면 현금 보상이 더 유리할 수 있습니다. 의무 보유 기간과 현금 계획을 함께 고려해야 합니다.
선택 기준
3가지를 세무사와 합산 판단 후 결정
① 대토 토지의 위치·용도지역·미래 가치, ② 의무 보유 기간 내 현금 필요 여부, ③ 현금 보상 vs 대토 보상의 세금 차이 — 이 세 가지를 세무사와 함께 시뮬레이션한 후 결정해야 합니다. 세금 차이가 크지 않다면 현금 보상이 유연성 면에서 유리합니다.

현재 현황 — 토지 매입률 36%, 착공 불투명

최신 보도 기준으로 토지 매입률이 36% 수준에 머물러 당초 2026년 하반기 착공 일정이 불투명해진 상황입니다. 착공 지연이 현실화되면 보상 협의 기간이 길어지고, 수용재결·이의재결 절차도 늘어납니다.

착공 지연과 세금 전략의 관계. 협의매수가 결렬돼 수용재결로 넘어가면 강제 수용 후 공탁금을 받는 구조가 돼 분할 수령 설계가 어려워집니다. 협의매수 단계에서 세무사와 먼저 상담하는 것이 가장 중요합니다.

시나리오

용인 남사읍 농지 소유자 K씨. 감정평가 기준 보상금 예상액 5억 원. 세무사와 상담 후 2025년 12월과 2026년에 나눠 수령 설계. 각 연도 감면 한도 2억 원씩 적용, 5년 한도 3억 원 내에서 최대 감면. 주택 부수토지 포함돼 변경 전 용도지역 기준 비과세 면적 확대 혜택도 추가 적용. 협의 단계에서 세무사를 먼저 만났기에 가능한 전략이었습니다. 이미 한 번에 수령했다면 소급 적용이 안 됩니다.

토지 보상 대응 체크리스트

확인 1
보상 협의 통지서 수령 즉시 — 협의 결정 전에 세무사·법무사 상담 먼저
확인 2
보상금 분할 수령 설계 — 2개 과세연도 나눠 최대 3억 원 감면 한도 활용
확인 3
주택 부수토지 해당 여부 — 변경 전 용도지역 기준 비과세 면적 확대 혜택 확인
확인 4
감정평가 결과 검토 — 인근 시세 대비 적정성 확인, 이의재결 여부 판단
확인 5
대토 보상 검토 — 위치·가치·의무 보유 기간·세금 효과 종합 판단 후 결정
확인 6
보상금 재투자 계획 — 대규모 현금 유입 시 종합소득세·금융소득종합과세 영향 사전 점검
마무리

용인 반도체 클러스터 토지 보상은 보상금 수령 시점 설계, 분할 수령, 대토 보상 선택, 주택 부수토지 비과세 기준까지 복잡한 세금 변수가 얽혀 있습니다. 2025년 3월 조세특례제한법 개정으로 혜택이 확대됐지만 이 혜택을 최대한 활용하려면 협의매수 단계에서 먼저 전문가와 상담해야 합니다. 이 글이 드릴 수 있는 것은 구조와 체크 포인트입니다. 실제 세금 계산과 대토 전략 설계는 토지보상 전문 세무사·법무사와 함께해야 합니다. 정보를 읽고 판단은 스스로, 실행은 전문가와 함께.

주의. 본 글은 LH·용인특례시·조세특례제한법 공개 자료를 기반으로 한 정보 제공 목적의 콘텐츠입니다. 세금 감면 혜택은 개인 상황·보유 기간·취득가액에 따라 다릅니다. 토지보상 전문 세무사·법무사와 반드시 상담하시기 바랍니다.

출처: LH·용인특례시 손실보상 협의 개시 안내 (2025.12.22.), 조세특례제한법 개정 (2025.3.), 국민문화신문 토지보상 36% 보도 (2026.4.), 뉴스핌·데일리엔뉴스 (2025.12.).